抗磷脂抗体综合征的病因包括感染因素和遗传因素。
1、感染因素：细菌免疫动物可诱导抗磷脂抗体的产生，进而推断感染因素可能起一定作用。2、遗传因素：有研究报道抗磷脂抗体综合征患者HLA-DR7和DR4的频率增加；抗心磷脂抗体阳性患者中HLA-DR53出现频率较高，故发病原因可能与遗传有关。抗磷脂抗体是APS的决定性因素，其主要靶抗原是β2糖蛋白1。APS的发生还与其他因素有关，因为只有部分APL阳性患者才有临床表现。其他可能的机制包括增加血小板合成的血栓，抑制前列环素合成，刺激内皮细胞产生组织因子。抗磷脂抗体是指狼疮抗凝剂、抗心磷脂抗体或一组抗其他磷脂或磷脂复合物的自身抗体。抗磷脂抗体产生的原因尚不清楚。用细菌免疫动物可以诱导抗磷脂抗体的产生，这表明感染因素可能发挥了作用。此外，可能与遗传因素有关。有研究报道，抗磷脂抗体综合征患者HLA-DR7、DR4频率升高，抗心磷脂抗体阳性患者HLA-DR53频率更高。诱发因素可以自发形成，也可能与口服避孕药、血管阻塞、外伤、血肿等雌激素期望治疗的因素有关。
正常生理条件下不存在抗磷脂抗体，当机体发生炎症反应时，细胞表面的磷脂分子结构发生变化，可刺激机体免疫系统产生抗磷脂抗体。当细胞膜上的磷脂分子暴露在免疫系统中时，抗磷脂抗体会攻击磷脂分子，导致机体发生一系列病理生理变化。患者在血栓阻塞的不同部位会有不同的表现，习惯性流产是孕妇中最常见的一种。
